Влияние на клетъчната теория и ембриологията върху историята на биологията

От 1838г.

Напредъкът в микроскопията има голямо въздействие върху биологичното мислене. В началото на 19 век, редица именити биолози започват да обръщат внимание на централното значение на клетката.
През 1838 г. и 1839 г. Шлайден и Шван започват да популяризират идеята, че основната структурна и функционална единица на организмите е клетката, а отделните клетки притежават всички характеристики на живото. Противопоставят се все още единствено на схващането, че клетките се размножават чрез делене. Благодарение на упоритата работа на Робърт Ремак и Рудолф Вирхов до края на 1860 г. повечето биолози започват да приемат все по-благосклонно трите основни схващания на Шван и Шлайден, оформящи клетъчната теория.

Тя, от своя страна довежда учените до прозрението, че отделните организми са отделни съвкупности, съставени от относително автономни клетки. Изследователите, трудещи се в новозародилата се област на цитологията започват да работят с все по-мощни микроскопи и нови методи за оцветяване. Някои от тях скоро открили, че дори единичните клетки са доста по-сложно устроени от описваните от тях до този момент "камери, изпълнени с течност".
Робърт Браун за пръв път е описал ядрото през 1831 г., а до края на 19-ти век цитолозите идентифицирали много от ключовите компоненти на клетката: хромозомите, митохондриите, хлоропластите и други органели, направени видими чрез оцветяване с определени багрила.

Между 1874 и 1884 Уолтър Флеминг описва отделните етапи на митозата, които показват, че видяното в клетъчното съдържимо не е придобито в резултат на оцветяването. Това са хромозомите, които са се удвоили, точно преди клетката да се раздели. Голяма част от изследванията, посветени на клетъчното размножаване се обединяват около теорията за наследствеността Август Вайсман. Той идентифицира ядрото (и по-специално хромозомите), като материален носител на наследствеността. Ученият прави разграничение между соматичните и зародишните клетки, твърдейки, че хромозомният брой трябва да бъде намален наполовина при зародишните клетки. Тази концепция е предвестник на обяснението за мейозата.

До средата на 1850-те години теорията за зараждането на заболяванията от "болестотворната миазма" се заменя от зародишната теория за болестите. След 1880 бактериологията става по-последователна дисциплина, важна за развитието на биологията. Особено голям принос за това има работата на Робърт Кох, който представя методи за отглеждане на микроорганизми в среда от агарни гелове, съдържащи специфични хранителни вещества. Дълго се подкрепя идеята, че живите организми могат да произхождат и от нежива материя (спонтанно самозараждане). Тя се подлагала често на серия от експерименти, някои от които са извършени от самия Луи Пастьор.